El modo misión, el más importante de todos aunque no el más divertido, se divide en una cuadrícula donde están situadas todas las misiones a elegir. Primero solo estarán desbloqueadas las misiones de nivel D, que es el más sencillo, para que, mientras las vayamos superando, se nos vayan desbloqueando otras nuevas, y así hasta completar todas las de un rango y poder acceder al siguiente. En general tendremos los niveles D, C, B, A y S, más alguna sorpresita más.
Al ir superando cada misión recibiremos ciertas recompensas. La más interesante es el desbloqueo de nuevos personajes, los cuales podremos utilizar después para misiones posteriores e incluso para repetir las anteriores y mejorar nuestra puntuación. Este hecho alarga bastante el modo misión, ya que nos permite por ejemplo pasarnos ciertas misiones que les vienen mejor a otros personajes gracias a sus inherentes características, o bien porque nos pueden servir de apoyo posteriormente, utilizando por ejemplo sus servicios al ejecutar un golpe especial, hecho que explicaremos después.Entre otros movimientos encontramos también los ataques cuerpo a cuerpo, el lanzamiento de enemigos, teletransporte y los básicos como correr, agacharse o protegerse. Sin olvidar que podremos realizar combos si pulsamos varias veces un botón.
Mientras consigamos nuevos personajes podremos utilizar sus técnicas especiales en nuestro personaje, siempre y cuando no superen las 4 casillas preparadas para ello. En plena acción, al ejecutar una habilidad que tengamos equipada pero que sea de otro personaje, éste vendrá en nuestra ayuda, intervendrá en la batalla y ejecutará su golpe. Un hecho muy interesante y que hace las batallas mucho más intensas.En sí las, batallas se nos antojan algo caóticas, con un mapa poco intuitivo que no señala ni niveles ni tampoco ninguna referencia clara que nos ayude a localizar mejor a nuestros adversarios. Solo será una pequeña cuadrícula representada por puntos, siendo cada uno de ellos la de un personaje. Para un modo multijugador es un hecho aceptable e incluso interesante, pero para el modo misión realmente el concepto de batalla es demasiado alocado ya que precisas de cumplir los objetivos más rápidamente.
El apartado gráfico de Naruto Ninja Council European Version recuerda mucho al de su versión predecesora aparecida en GBA. De hecho los personajes son un reciclado de los anteriores, mejorando ligeramente los escenarios dotándolos de un carácter mas colorido y con algo de mayor extensión, pero no dejan de contener un salto gráfico inferior al esperado. Lo que agradecerán los fans de la saga será las numerosas escenas típicas de la serie que aparecen al ejecutar una habilidad especial, y que recrean a la perfección los golpes más famosos de los personajes. Los escenarios en sí cuentan con animaciones de fondo y una recreación propia de ciertos parajes de la serie, aunque se hacen muy repetitivos, dejando que desear una mayor variedad en los mismos. Los personajes y los enemigos gozan de unas animaciones correctas con su evidente toque de humor en el desarrollo de sus acciones.El sonido en sí no llama la atención, están en el juego y cumplen con su cometido sin resaltar en absoluto. Los sonidos ambientales casi no están presentes dejando el mayor peso a los incluidos en los movimientos y saltos. La música machacona y repetitiva, con poca variedad y que está a un nivel promedio con el sonido.
Naruto Ninja Council para Nintendo DS cumple a la perfección en su forma pero no en su esencia. El juego, que ha llegado con casi dos años de retraso respecto al lanzamiento japonés, nota mucho ese desfase técnico y esa utilización poco implementada del lápiz táctil. Igualmente no ayuda su jugabilidad irregular con bastantes fallos a la hora de conseguir realizar unos combates más técnicos. El modo principal de las misiones, se convierte en modo secundario eclipsado por un más que acertado multijugador.
Aunque su tutor Ebisu trata de desanimarlo, sólo es gracias a la influencia de Naruto que Konohamaru se da cuenta que no hay atajos para poder ser Hokage. Advierte que para conseguir reconocimiento necesita entrenarse duro durante muchos años si alguna vez quiere ser líder de la aldea. Desde entonces considera a Naruto como jefe y hermano mayor, a la vez que rival, puesto que ambos aspiran al mismo puesto.
Konohamaru ha aprendido la tecnica creada por Naruto, la tecnica erótica(sexy no jutsu).
El cuarto Kazekage 四代目風影 Yondaime Kazekage era el padre de Gaara, Temari, y Kankuro. Él decidió sellar al Shukaku dentro de Gaara, para convertirlo en el arma definitiva de la aldea. Sin embargo, al crecer éste y ver su padre el peligro para los aldeanos, empezó a pensar que había tomado una mala decisión, y empezó a ordenar sucesivamente el asesinato de su hijo, aunque ninguno de los intentos tuvo éxito.
El cuarto Kazekage decidió luego aliarse con Orochimaru para atacar Konoha, para restablecer la supremacía militar de su aldea. Las cosas no fueron como habían sido planeadas, y antes incluso del examen de chunnin fue traicionado y asesinado por el sannin, que le suplantó.
木ノ葉隠れの里, Konohagakure no Sato es una de las cinco grandes aldeas ninjas del manga y anime Naruto. Se encuentra en el País del Fuego, en el universo ficticio que sustenta a la serie.
Esta aldea es sin duda la más importante en la historia, en tanto que el protagonista y la mayor parte de los personajes secundarios pertenecen a ella. Está habitada sólo en parte por ninjas, puesto que el resto de personas son civiles sin entrenamiento que se dedican a todos los oficios imaginables. La mayor parte de los niños reciben sin embargo un aprendizaje primario ninja en la Academia de la aldea. Su líder ostenta el título de Hokage, puesto ocupado por el mejor ninja. La aldea está enteramente amurallada, y en su centro se encuentra una gran montaña en cuya ladera principal están talladas las caras de todos los hokages.
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草隠れの里 Kusagakure no Sato está en el País de la Hierba. Aunque no se sabe nada más de ella, se supone que sus ninjas se especializan en técnicas relacionadas con animales y plantas.
En el examen de chūnin, un grupo de genin de esta aldea fueron asesinados y suplantados por Orochimaru y sus hombres. Más tarde, un par de matones de esta aldea intentaron intimidar a Gaara antes de su lucha con Sasuke, lo que provocó que murieran dada la sed de sangre de Gaara, aunque esto seguramente salvó la vida de Naruto y Shikamaru, que se encontraban algo después en el mismo pasillo.
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4. Aldea Oculta de la cascada
滝隠れの里, Takigakure no Sato se encuentra en el País de la Cascada. Su líder es Shibuki (alguien demasiado cobarde para el puesto). Sus ninjas parecen especializarse en técnicas del elemento agua.
Aunque había dos grupos de genin en el examen de chūnin (4 en el anime), ninguno pasó de la primera prueba.
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5. Aldea Oculta del Sonido
音隠れの里, Otogakure no Sato fue fundada por Orochimaru dentro del País del Sonido, y es dirigida por él. Aunque se conoce poco de ella, parece estar compuesta por una serie de guaridas tanto en ese país como en otros, entre las cuales Orochimaru se va trasladando periódicamente. Los ninjas de esta aldea se suelen especializar en técnicas que se basan en la manipulación de las ondas sonoras, y en el uso de sellos prohibidos para incrementar su poder. Las cinco grandes aldeas no la reconocen como igual, por ser Orochimaru un criminal.
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6. Aldea oculta de la niebla
霧隠れの里, Kirigakure no Sato, se encuentra en el País del Agua, y su líder es el Mizukage. Sus ninjas son especialistas en técnicas de agua, aunque parece que todos ellos llevan espadas, como se muestra en algunas ocasiones. En el pasado, el examen para alcanzar el rango de genin era ciertamente inhumano: se obligaba a estudiantes que habían sido amigos a luchar a muerte. Esto se acabó el año en que Zabuza Momochi, un chico que ni siquiera había estado en la academia, se volvió loco y mató a todos los de su año él sólo.
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7. Aldea de las nubes
雲隠れの里, Kumogakure no Sato se encuentra en el País del Rayo. Su líder es el Raikage. En el pasado estuvo en guerra con la Aldea Oculta de Konoha, pero durante los tratados de paz, uno de sus ninjas intentó capturar a Hinata Hyūga, y esto provocó un incidente que acabó con la muerte del padre de Neji Hyūga. No se sabe mucho más, aunque se puede suponer que sus ninjas se especializan en técnicas basadas en la electricidad.
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8. Aldea de la lluvia
雨隠れの里, Amegakure no Sato es una pequeña aldea del País de la Lluvia. Se supone que se especializan en técnicas de agua. Suelen llevar sombrillas, y realizan con facilidad técnicas de largo alcance e ilusorias. Algunos llevan máscaras para poder respirar en el agua.
Tres equipos de allí llegaron a la segunda prueba del examen de chūnin. Uno de ellos fue asesinado por Gaara. El otro fue derrotado por el grupo de Hinata, Kiba y Shino (fue el primer equipo de los examenes chunin en ser derrotados) y el tercero y último fue derrotado por el grupo de Naruto. Este mismo grupo aparece en una de las sagas de relleno.
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9. Aldea de la arena
砂隠れの里, Sunagakure no Sato, se encuentra en el País del Viento, y su líder es el Kazekage. Gaara proviene de este lugar, y se dice que el Shukaku se originó allí, siendo el espíritu corrupto de un monje encerrado en una tetera. En estos momentos es un aliado de Konoha.
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